Devlet memurları hakkında yapılan soruşturma sonucunda muhakkikler tarafından getirilen disiplin teklifinin değerlendirilerek karara bağlanması disiplin amirinin yetkisinde bulunmaktadır. Bakanlık görüşüne göre disiplin amiri, tevdi edilen dosya hakkında işlem tesis ederken gereken özen ve dikkati göstererek bir karara varması gerekmektedir. Bu noktada disiplin amiri dosyayı ve muhteviyatı ile memurun son savunması dikkatli bir şekilde incelemelidir. İnceleme sonucunda disiplin amiri savunmayı yeterli görmezse teklif edilen cezayı aynen uygulayabileceği gibi savunmayı yeterli görerek cezayı hafifletebilecek veya tamamen kaldırabilecektir.
Uygulama da karşılaşılan bir diğer sorun ise soruşturma sırasında görev yeri değişen memura kimin ceza vereceği yönündedir. Bakanlık yazısında ilgi tutulan Danıştay kararı uyarınca cezanın verildiği tarihte görev yapan disiplin amiri/disiplin kurulunun ceza vermesi gerekmektedir. Yani ceza verilirken suçun işlendiği tarihteki disiplin amiri/disiplin kurulunun değil cezanın verildiği tarihteki disiplin amiri/disiplin kurulu yetkilidir. Bu durumda da cezanın veriliş tarihi dikkate alındığında memurun yeni görev yerinde ki disiplin amiri/disiplin kurulu cezayı vermelidir.